Dos siglos después de la caída del califato de Córdoba, cuando los cristianos tomaron la ciudad, la mezquita fue convertida en catedral y consagrada a la Virgen, pero sólo se le agregaron unas pocas capillas que apenas modificaban su espacio interior. En el siglo XVI, el cabildo solicitó permiso al emperador Carlos I para derribar las naves centrales y elevar sobre ellas el nuevo edificio de la catedral. El emperador, que no había estado nunca en Córdoba, lo concedió, imaginando vagamente que sólo se destruiría una ruina musulmana semejante a tantas otras que aún quedaban en su reino. Sólo cuando viajó a la ciudad y vio con sus propios ojos la mezquita se arrepintió de su error, pero ya era demasiado tarde. Cuentan que dijo a los canónigos, aterrado por la destrucción de la que también él era cómplice: “Yo no sabía qué era esto, pues de haberlo sabido no habría permitido que se tocase lo antiguo, porque hacéis lo que se puede hacer y lo que hay en cualquier parte, y habéis deshecho lo que era singular en el mundo”.

Antonio Muñoz Molina
De Cordoba de los omeyas.

    Según las noticias que se conservan, la Mezquita omeya de Córdoba permanece sin cambios hasta 1236, año de la conquista de Córdoba por Fernando III el Santo. Es consagrada entonces como templo cristiano, bajo la advocación de Santa María Madre de Dios. Entre 1257 y 1274, durante el episcopado de don Fernando de Mesa, se levanta la primera Capilla Mayor, de la que no han llegado restos. Un siglo después, reinando Enrique II de Trastámara, se realizan nuevas obras, como la Capilla Real y la decoración de la puerta del Perdón, a la vez que se inicia la construcción de capillas privadas adosadas a los muros del recinto. A fines del siglo XV se emprenden obras de mayor envergadura, buscando acentuar el aspecto cristiano, pues las difíciles circunstancias político-religiosas del periodo aconsejaban disimular al máximo la presencia islámica. Entre 1486 y 1496 se construye la Capilla Mayor gótica y, durante todo el siglo XVI, se suceden las reformas a cargos de la familia de arquitectos de los Hernán Ruiz* . La primera de estas reformas se realiza entre 1505 y 1514, y afecta sobre todo al exterior. De 1514 a 1523 se reparan la Sala Capitular y la Librería, construyéndose también varias capillas particulares. La tercera reforma se centra en la Capilla Mayor y el Coro, y de ella se ocupa Hernán Ruiz el Viejo. La sillería del coro, una de las piezas más destacables de este género y la última realizada en las catedrales españolas, es diseñada y tallada por el escultor sevillano Pedro Duque Cornejo* . Las obras concluyen en el episcopado de don Francisco Reinoso (1597-1601), bajo las obras del maestro Juan de Ochoa* . El 8 de septiembre de 1607, en el obispado de Diego Mardones, se inauguran la Capilla Mayor y el Crucero. (-> véase Córdoba).